Kemudian gerakan mahasiswa Papua lainnya adalah pada tahun 1996, di Jayapura - Abepura mahasiswa Uncen dibawah pimpinan Benny Wenda melakukan protes atas kematian Al. Dr Thomas Wanggai yang tidak wajar, “setelah diberikan racun dengan minuman”. Mahasiswa menyambut mayat alm. Thomas Wanggai didepan kampus untuk penghormatan terakhir, namun apa yang terjadi, bahwa ada konspirasi penipuan Kolonial Indonesia disana, sehingga terjadi pemberontakan atas penipuan kolonial Indonesia, terjadi pembakaran mobil, toko-toko dan pasar raya Abepura. Dalam insiden ini 4 Mahasiswa dan 1 Anggota TNI pribumi meninggal dunia. Peristiwa ini adalah sejarah gerakan Mahasiswa Papua yang ada dalam memori masyarakat Papua.

Gerakan mahasiswa berikutnya adalah pecah pada tahun 1997, dimana mahasiswa Papua memprotes Pembantaian TNI di Mapenduma, Jila, Bela dan Alama. Protes ini dilakukan setelah mendapatkan laporan pelanggaran HAM oleh 3 gereja besar di Papua. Gereja itu antara Lain, Katolik, KIGMI dan GKIIJ. Gerakan ini berdampak hingga ke Luar Pulau Papua. Apa lagi kemudian di Picu lagi dengan Surat Senator Amerika serikat yang meminta kepada pemerinta BJ Habibi untuk memberikan kesempatan kepada Timor-Timor dan Papua Barat.

Gerakan tahun 1997 ini kemudian melahirkan organ politik mahasiswa Papua terbesar yang kemudian di kenal dengan nama Alinsi Mahasiswa Papua (AMP). Sedikit sejarahnya adalah. Aliansi Mahasiswa Papua (Selanjutnya disebut AMP) didirikan pada tanggal 30 Mei 1998 di Jl. Guntur Kawi, Manggarai, Jakarta Selatan. Organisasi ini lahir ditengah situasi represi NKRI di Tanah Papua Barat, khsusnya di Biak, yang kita kenal dengan Peristiwa Biak Berdarah. Ditengah situasi politik Indonesia yang mulai goyah akibat tekanan-tekanan politik dari gerakan prodemokrasi Indonesia terhadap regime Soeharto dan mulai menguatnya tuntutan Reformasi Politik bagi sebuah perubahan yang berkeadilan serta terbukanya ruang demokrasi.

Ditengah situasi politik yang demikian di Indonesia, para mahasiswa Papua Barat dari berbagai kota di Indonesia berinisiatif membentuk sebuah organisasi politik yang akan mewadahi tuntutan-tuntutan politik mahasiswa Papua Barat secara jelas kepada Indonesia, terutama dalam hal “Hak Menentukan Nasib Sendiri sebagai Bangsa yang Merdeka” seperti yang selama 40 tahun terakhir diperjuangkan oleh Organisasi Papua Merdeka (OPM) dan berbagai faksi organisasi Gerakan Pembebasan Nasional Papua Barat Barat lainnya.

Semangat perjuangan untuk membebaskan diri dari Kolonialisme Indonesia dan Imperialisme Global itulah yang telah mampu membangkitkan semangat perlawanan mahasiswa Papua Barat dan mendorong para mahasiswa untuk berkumpul dan membentuk wadah perlawanan yang efektif bagi perjuangan Pembebasan Nasional Papua Barat, terutama dikalangan mahasiswa Papua Barat yang selama itu masih bersifat apolitis, karena memang tidak memiliki alat-alat perjuangan yang jelas untuk sebuah sikap politik yang tegas terhadap perjuangan Pembebasan Nasional Papua Barat.

Dari sinilah cikal bakal perjuangan Pembebasan Nasional Papua Barat secara modern mulai ditorehkan secara efektif di Indonesia. Dalam perjalanan awal AMP banyak sekali kendala yang dihadapi karena tidak adanya pengetahuan bersama soal penerapan mekanisme organisasi gerakan politik (bukan paguyuban) dalam amanat perjuangan yang lebih besar. Tetapi sesuai dengan berjalannya waktu, AMP telah menata sejumlah mekanisme baru yang lebih efektif dalam menggerakan organisasi ini sebagai organisasi dengan kader-kader yang terdidik, terpimpin, revolusioner, progresif, militan dan terorganisir rapi ditiap basis perjuangan mahasiswa Papua, baik di Papua, Indonesia maupun Internasional.

Pada tanggal 16 Januari 2001, AMP Komite Kota Yogyakarta direstrukrisasi dengan penempatan sejumlah kawan-kawan baru untuk mencoba menata kembali organisasi ini mulai dari tingkat kota Yogya dan terus membantu Ketua Umum di Jakarta untuk melebarkan struktur organisasi dan jaringan politik dengan gerakan prodemokrasi Indonesia. Selain itu di Papua, AMP juga diefektifkan dengan mendorong pembentukan Konsulat AMP Numbay dan menempatkan sejumlah kawan yang militan dan revolusioner untuk memimpin organisasi dan mempertahankan semangat juang dibasis utama perubahan kita, Tanah Papua. Selain itu, sejak tahun 2001 AMP juga telah mencoba membangun kekutan jaringan ditingkat internasional dengan basis utama di Irlandia dan Inggris.

Ditengah represi Kolonialisme Indonesia yang begitu kuat, AMP yang ada di Papua, Indonesia dan Internasional tetap berjuang menjaga semangat juang dikalangan mahasiswa Papua, ditengah-tengah rakyat Papua dan juga diantara kawan-kawan jaringan kita di Indonesia dan Internasional yang semakin lama semakin membesar sampai hari ini. Inilah tugas suci yang musti diemban oleh setiap kader Aliansi Mahasiswa Papua sampai kemenangan politik kita capai, yaitu “Kemerdekaan Sejati Sebagai Bangsa Papua Barat” yang telah dianeksasi oleh pihak Amerika, Indonesia, Belanda dan PBB.

Untuk pertama kalinnya, Aliansi Mahasiswa Papua melakukan Aksi besar-besaran pada tahun 1998. Ditengah-tengah maraknya tuntutan Kemerdekaan Papua Barat, pada tanggal, 20 Juli 1998, Seluruh mahasiswa perantau dari Sulawesi diantaranya ( Menado, toraja serta Ujung Pandang), Bali, Jawa diantaranya (kota Surabaya, Malang, Semarang, Solo, Salatiga, Yogyakarta, Bandung serta Jakarta) dan Sumatera yang berjumlah sekitar 665 orang mahasiswa melakukan demonstrasi di depan kantor Perwakilan Perserikatan Bangsa-Bangsa (PBB) di Jakarta. Aksi demonstrasi Aliansi Mahasiswa Papua (AMP) ini mengajukan tiga (3) buah pernyataan sikap politik yang menuntut PBB agar segera mengembalikan kemerdekaan Papua Barat yang telah di Proklamasihkan pada tanggal, 1 Desember 1961. Mendesak Kepada mahkama Internasional agar segera menggugat Indonesia yang dengan sengaja menghilangkan hak-hak kebangsaan (national right) tanah dan hak bangsa Papua Barat selama 35 tahun. Memberikan kewenangan penuh kepada PBB dan Amerika untuk membuka kembali kasus negara Papua Barat bagi suatu penyelesaian Internasional.

Ini adalah gerakan-gerakan Mahasiswa Papua yang perlu kita catat dan memberikan penghargaan tertinggi dalam kehidupan kita. Penghargaanya adalah dengan melakukan renungan kembali, kekuarangannya, kelebihannya dan kekuatannya, lalu kita mendukung dan mendorong sobat-sobat progresif yang sedang melakukan perlawanan setiap hari.